平成23年度税制改正に関する法律「経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律」（平成23年法律第114号）が平成23年12月2日に公布され、「更正の請求」が次のとおり改正内容されました。
1. 更正の請求期間の延長
平成23年12月2日以後に法定申告期限が到来する国税について、更正の請求ができる期間が法定申告期限から原則として5年に延長されました。
なお、平成23年12月１日以前に法定申告期限が到来する国税については、更正の請求の請求期限は従来どおり法定申告期限から1年となりますが、増額更正（所得税であれば3年、法人税であれば5年）ができる期間内に「更正の申出書」の提出があれば、調査によりその内容の検討をして、納めすぎの税金があると認められた場合には、減額の更正が行われます。但し、申出のとおり更正されない場合であっても、不服申立てすることはできません。
2. 更正の請求範囲の拡大
当初申告の際、申告書に適用金額を記載した場合に限り適用が可能とされていた措置のうち、下記のような措置については、更正の請求（又は修正申告書）の提出により事後的に適用を受けることができるようになりました。
【所得税関係】
• 給与所得者の特定支出の控除の特例（所法57の2）
• 保証債務を履行するために資産を譲渡した場合の所得計算の特例（所法64）
• 純損失の繰越控除（所法70）
• 雑損失の繰越控除（所法71）
• 変動所得及び臨時所得の平均課税（所法90）
• 外国税額控除（所法95）
• 資産に係る控除対象外消費税額等の必要経費算入（所令182の2）
【法人税関係】
• 受取配当等の益金不算入（法法23、81の4）
• 外国子会社から受ける配当等の益金不算入（法法23の2）
• 国等に対する寄附金、指定寄附金及び特定公益増進法人に対する寄附金の損金算入（法法37、81の6）
• 会社更生等による債務免除等があった場合の欠損金の損金算入（法法59）
• 協同組合等の事業分量配当等の損金算入（法法60の2）
• 所得税額控除（法法68、81の14）
• 外国税額控除（法法69、81の15）
• 公益社団法人又は公益財団法人の寄附金の損金算入限度額の特例（法令73の2）
• 引継対象外未処理欠損金額の計算に係る特例（法令113）
• 特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の制限の5倍要件の判定の特例（法令113の2）
• 特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入の対象外となる資産の特例（法令123の8）
• 特定資産に係る譲渡等損失額の計算の特例（法令123の9）
【相続税関係】
• 配偶者に対する相続税額の軽減（相法19の2）
• 贈与税の配偶者控除（相法21の6）
• 相続税における特定贈与財産の控除（相令4）
また、控除等の金額が当初申告の際の申告書に記載された金額に限定される「控除額の制限」がある下記のような措置について、更正の請求（又は修正申告書）の提出により、適正に計算された正当額まで当初申告時の控除等の金額を増額することができることとされました。
【所得税関係】
• 外国税額控除（所法95）
• 試験研究を行った場合の所得税額の特別控除（措法10）
• 試験研究を行った場合の所得税額の特別控除の特例（措法10の2）
• エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の所得税額の特別控除（措法10の2の2）
• 中小企業者が機械等を取得した場合の所得税額の特別控除（措法10の3）
• 沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の所得税額の特別控除（措法10の4）
• 雇用者の数が増加した場合の所得税額の特別控除（措法10の5）
• 所得税の額から控除される特別控除額の特例（措法10の6）
• 青色申告特別控除（65万円）（措法25の2）
• 電子証明書を有する個人の電子情報処理組織による申告に係る所得税額の特別控除（措法41の19の5）
【法人税関係】
• 受取配当等の益金不算入（法法23、81の4）
• 外国子会社から受ける配当等の益金不算入（法法23の2）
• 国等に対する寄附金、指定寄附金及び特定公益増進法人に対する寄附金の損金算入（法法37、81の6）
• 所得税額控除（法法68、81の14）
• 外国税額控除（法法69、81の15）
• 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除（措法42の4、68の9）
• 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例（措法42の4の2、68の9の2）
• エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の法人税額の特別控除（措法42の5、68の10）
• 中小企業者等が機械等を取得した場合の法人税額の特別控除（措法42の6、68の11）
• 沖縄の特定地域において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除（措法42の9、68の13）
• 沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の法人税額の特別控除（措法42の10、68の14）
• 国際戦略総合特別区域において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除（措法42の11、68の15）
• 雇用者の数が増加した場合の法人税額の特別控除（措法42の12、68の15の2）
• 法人税の額から控除される特別控除額の特例（措法42の13、68の15の3）
